Στις 11 Απριλίου 1902 η Δημογεροντία της Ξάνθης αποφασίζει την ίδρυση Νοσοκομείου της Ελληνικής Ορθόδοξης Κοινότητας της Ξάνθης. Το Νοσοκομείο αυτό στεγάστηκε και λειτούργησε, ως το 1935, στη θέση που βρίσκεται σήμερα το 3ο Δημοτικό Σχολείο.
Τον Αύγουστο του 1929 θεμελιώθηκε από τον Ελ. Βενιζέλο το νέο Νοσοκομείο, στη θέση που βρίσκεται σήμερα το Στρατοδικείο. Εγκαινιάσθηκε στις 22-12-1935 και ονομάσθηκε Δημοτικό Νοσοκομείο Ξάνθης.
Το 1984 μεταφέρθηκε, εκτός του τμήματος πλυντηρίων και ραφείων, στο χώρο που στεγάζεται σήμερα η Αστυνομία Ξάνθης, και ονομάστηκε τότε Γενικό
Νομαρχιακό Νοσοκομείο Ξάνθης.
Η θεμελίωση του σημερινού Νοσοκομείου (στη θέση που είναι σήμερα
- Νεάπολη - Ξάνθης) έγινε το 1990 και ξεκίνησε τη λειτουργία του στις νέες κτιριακές εγκαταστάσεις τον Ιούνιο του 1996. Μετονομάσθηκε σε Γενικό Νοσοκομείο Ξάνθης το Δεκέμβριο του 2001, σύμφωνα με το Ν.2889/2001.
Διαχρονική Εξέλιξη του Ρόλου του Νοσοκομείου
Το Νοσοκομείο λειτουργούσε από 22-12-1935, ως Δημοτικό Νοσοκομείο, σε κτιριακό συγκρότημα εμβαδού 2.859 m2 και εντός οικοπέδου 28.155
τ.μ. Τα ανεπτυγμένα τμήματα του, με δύναμη 120 κλινών, ήταν το παθολογικό, χειρουργικό, μαιευτικό, οφθαλμολογικό και εργαστήρια μικροβιολογικού και ακτινολογικού.
Το έτος 1984, με ανεπτυγμένες 170 κλίνες, στεγάζεται σε ενοικιαζόμενο πολυώροφο κτίριο εμβαδού 4.230
τ.μ, λόγω της ανάγκης ανάπτυξης νέων τμημάτων για τη βελτίωση της παρεχόμενης υγειονομικής περίθαλψης. Το 1986 δημοσιεύθηκε ο πρώτος οργανισμός του Νοσοκομείου με 73 κλίνες του παθολογικού τομέα και 97 του χειρουργικού. Ο Παθολογικός Τομέας διαρθρώνεται στο Παθολογικό, Καρδιολογικό, Παιδιατρικό Τμήμα και τη Μονάδα Προώρων. Ο Χειρουργικός Τομέας διαρθρώνεται στο Χειρουργικό, Ορθοπεδικό, Οφθαλμολογικό, Ωτορινολαρυγγολογικό, Γυναικολογικό-Μαιευτικό, Αναισθησιολογικό Τμήμα και τη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας. Ο Εργαστηριακός Τομέας διαρθρώνεται στο Μικροβιολογικό, Βιοχημικό, Αιματολογικό, Αιμοδοσίας, Ακτινοδιαγνωστικό, Φαρμακευτικό Τμήμα. Τα Διατομεακά Τμήματα είναι των Επειγόντων Περιστατικών, Τακτικών Εξωτερικών Ιατρείων και Ημερήσιας Νοσηλείας.
Η αύξηση της ζήτησης για υγεία εξαιτίας των δημογραφικών, επιδημιολογικών, οικονομικών και κοινωνικο-πολιτισμικών εξελίξεων στο Νομό Ξάνθης, σε συνδυασμό με την ανάπτυξη των βιολογικών επιστημών και της βιοїατρικής τεχνολογίας, προκάλεσαν σημαντικούς μετασχηματισμούς, όπως τη δημιουργία του Γενικού Νοσοκομείου Ξάνθης με δύναμη 300 κλίνες και την ταχεία διάχυση νέων τεχνολογιών και υψηλής βιοїατρικής τεχνολογίας.
Η τεχνολογική εξέλιξη κατά τη διάρκεια των τελευταίων δέκα ετών στο Γενικό Νοσοκομείο Ξάνθης επιταχύνθηκε ιδιαίτερα και δημιουργήθηκαν δυνατότητες θεραπείας για ασθένειες και παθήσεις, οι οποίες μέχρι τότε ήταν ανίατες. Οι μέχρι τότε μορφές θεραπείας αντικαταστάθηκαν ή συμπληρώθηκαν. Οι υπηρεσίες παροχών υγείας υποχρεώνονται να χρησιμοποιήσουν την τελευταία λέξη της ιατρικής τεχνολογίας. Επιπλέον, αυξήθηκαν και οι προσδοκίες που έχουν οι ασθενείς αναφορικά με την προσφορά θεραπείας και την ποιότητα των παρεχόμενων υπηρεσιών.
Το 1995 έγινε τροποποίηση του οργανισμού του Νοσοκομείου σε 131 κλίνες του παθολογικού, 154 του χειρουργικού και 16 του Ψυχιατρικού τομέα. Στον Παθολογικό Τομέα προστίθεται το Β΄ Παθολογικό και το Νευρολογικό Τμήμα και οι Μονάδες Εμφραγμάτων, Τεχνητού Νεφρού και Μεσογειακής Αναιμίας. Στο Χειρουργικό Τομέα προστίθεται το Β΄ Χειρουργικό και το Ουρολογικό Τμήμα. Στον Εργαστηριακό Τομέα προστίθεται το Παθολογικό-Κυτταρολογικό Τμήμα.
Εκ των ανωτέρω σήμερα, στον Παθολογικό Τομέα δεν λειτουργεί το Β΄ Παθολογικό, Νευρολογικό Τμήμα και οι Μονάδες Εμφραγμάτων και Προώρων. Στον Χειρουργικό Τομέα δεν λειτουργεί το Β΄ Χειρουργικό Τμήμα.